Agus Utomo menjabat sebagai Kepala Bakorwil III Banyumas-Pekalongan sampai dengan 31 Desember 2017. Setelahnya, Agus Utomo mendapatkan penugasan khusus dari Gubernur Jawa Tengah di bidang Publikasi dan Komunikasi sampai dengan tahun 2018.
Tahun 2018 sampai dengan tahun 2020, Agus Utomo beralih tugas sebagai Pejabat Fungsional Ahli Madya Analis Kebijakan Pemerintah Provinsi Jawa Tengah. Jabatan tersebut disandangnya sampai Agus Utomo memasuki masa purna tugas yakni pada 1 September 2020 sesuai dengan Keputusan Gubernur Jawa Tengah No. 882/1254/23300/AZ06/20 tanggal 20 Juni 2020.